Диск не подгоняется ни под станок ни под авто, он выравнивается относительно своей плоскости, я вообще противник данной процедуры, но по вопросу, на станке ровнее и тоньше обработка, так сказать щадящий режим, но станочник должен быть толковый, на машине более грубая обработка, по размерам так и есть, разница от нового может составлять около 5 мм, биение при тормозе, следствие кривизны тормозного диска, чем он тоньше, тем больше подвержен воздействию окружающей среды, при проточке или замене дисков, обязательно менять колодки.
Теперь личный совет, диски нужно поменять на новые, с учётом пробега и факта что они уже протачивались, их нужно просто поменятьна новые, вы протачивали буртики, так и есть, остальную часть диска до появления буртика, проточили тормозные колодки, от этого и буртик образовался, их нужно было поменять ещё тогда.